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小米手机短信加密的设置步骤如下。
1、在小米手机桌面上找到“设置”并打开。
2、在设置中找到“应用锁”，点击进入，如果之前未设置过，需要先添加隐私密码或指纹识别来验证身份。
3、进入应用锁后，找到“短信”应用并开启后面的按钮，这样就成功设置了短信加密，如果想要查看短信，必须验证设置的密码或指纹识别才能进入短信应用，需要注意的是，第一次启用该功能可能需要设置一个隐私密码或指纹识别验证身份，也可以设置其他应用的加密权限，完成设置后，只有验证通过才能访问加密的短信和其他应用。
通过以上步骤，可以有效地保护短信隐私，如果还有其他问题或需要进一步的帮助，可以咨询小米的客服人员。